A ce jour 05 établissements d'enseignement sont opérationnels à l'UdM:
- La faculté des sciences de la santé
- La faculté des sciences et technologies
- L'Institut d’Etudes Africaines, des Sciences Sociales et de Management
- La Faculté des Technologies de l'Information et de la Communication
- La Faculté des Sciences Agronomiques et Vétérinaires
L'UdM dispose aussi d'un hôpital d'application pour sa filière de médecine:
- Les cliniques universitaires des Montagnes (CUM)