A ce jour 05 établissements d'enseignement sont opérationnels à l'UdM:

• La faculté des sciences de la santé
• La faculté des sciences et technologies
• L'Institut d’Etudes Africaines, des Sciences Sociales et de Management
• La Faculté des Technologies de l'Information et de la Communication
• La Faculté des Sciences Agronomiques et Vétérinaires

L'UdM dispose aussi d'un hôpital d'application pour sa filière de médecine:

• Les cliniques universitaires des Montagnes (CUM)